在AWS上通过Tibanna执行Snakemake工作流程

问题描述

我正在尝试通过AWS上的Tibanna执行Snakemake官方教程的工作流程。

按照here的指示，

1. 我已经安装了Tibanna并设置了环境变量。
2. 然后，我将Tibanna Unicorn部署到特定S3存储桶 specific-bucket 中的文件夹 snakemake-tutorial 中。
3. 我设置了默认的独角兽。
4. 最后一步，我运行以下命令：

$ snakemake --tibanna --default-remote-prefix=specific-bucket/snakemake-tutorial

但是，我在bwa_map规则时出错。日志显示：

/bin/bash: bwa: command not found
/bin/bash: samtools: command not found

由于某些原因，我无法使用conda和/或软件包。

解决方法

我能够使用--precommand标志解决此问题。

snakemake --tibanna --default-remote-prefix=sm-tut-test/sm --precommand="conda install -c bioconda bwa"

尽管如此，我仍在研究一种优雅的解决方案。

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稍后添加： 我找到了使用Integrated package management feature的更好的解决方案。