想要使用Vegan :: capscale来计算和绘制基于距离的冗余分析db-RDA，并在结果中添加相关性截止值

编程问答 2022-08-11

问题描述

我在使用R方面很陌生。

我有一个相对于COG-id相对丰富的基因组数据集。这是一个大型数据帧，具有4214行（COG-id）和1313列（基因组）。

https://drive.google.com/file/d/1byXVMMWYcCgVwqRRLTZV6UJf7ejCBucE/view?usp=sharing

我想

  1. 使用我的数据绘制基于Bray-Curtis距离的PCoA图，该图将根据相似的COG-id相对于数据帧的相对丰度显示其簇。

  2. 进行基于距离的冗余分析（db-RDA），以找出哪些COG-id驱动主群集彼此分离。

  3. 由于有4213个COG-id，我想在分析中使用某种相关性截止值，以便我得到负责驱动功能的前20％的COG-id，而不是负责驱动所有功能的4213个COG-id。 RDA图，这会使它看起来很笨拙。

到目前为止，我已经尝试在素食主义者中使用“ capscale”功能并使用距离Bray进行此分析，但是却收到错误“ cbind（x $ CCA $ v，x $ CA $ v）中的错误：行矩阵必须匹配（请参见参数2）”。当我尝试绘制RDA时。

以我很小的知识，我无法理解这个问题。非常感谢您对此问题的帮助。

谢谢。

解决方法

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