如何在ggtree

问题描述

我知道我可以通过如下组合尖端标签来设置尖端颜色：

library(ggtree)
tree<-read.tree(text="(A,(B,C));"
dd <-data.frame(taxa=c("A","B","C"),place=c("s1","s1","s2"))
p<-ggtree(tree)
p<-p %<+% dd +geom_tiplab(aes(color=place))
p

以便根据位置组应用随机的颜色集
但是，如何指定自己的颜色？ （例如，我要用黑色的s1和用红色的s2）

解决方法

您可以通过在树和树枝上使用groupOTU来设置笔尖颜色。

tree<-read.tree(text="(A,(B,C));")
branches <- list(A=1,B=2,C=3)
tree <- groupOTU(tree,branches)

p <- ggtree(tree) + geom_tiplab(aes(color=group))+
  scale_color_manual(values=c(A = "#E7B800",B= "#FC4E07",C = "darkgreen"))
p