在nlme

问题描述

我正在尝试进行回归分析（使用nlme中的gls函数），在该回归分析中我解释了共同的系统发生历史，并且我的树不是超尺寸的。我自己创建了相关矩阵（因为我的一些数据点都沿着树的同一分支，所以自己做就容易了）。关于相关矩阵，我一直收到相同的错误。我的代码：

s<-read.csv("vcv.csv",header=T)
cov_matrix<- as.matrix(apply(s[,-1],2,as.numeric))
row.names(cov_matrix) <- s[,1]
cormatrix<-cov2cor(cov_matrix)         #the actual correlation matrix
dat<-read.csv("data.csv",header=T)

tip.heights <- diag(cov_matrix)
fit <- gls(y~x,correlation=corSymm(cormatrix[lower.tri(cormatrix)]),weights = varFixed(~tip.heights),#for non-ultrametric tree 
           data=dat)

错误：

Error in Initialize.corSymm(X[[i]],...) : 
  initial values for "corSymm" must be between -1 and 1

在此先感谢您的帮助。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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