避免在R Shiny中的反应式表达式中花费时间

问题描述

在我的Shiny应用程序中，用户可以上传一个文件，该文件存储为reactive数据帧。在下面显示的反应表达式中，我调用了一个外部耗时函数（称为performDigestion），该函数需要几秒钟才能完成。

fastafile_data <- reactive(){
    inFile_fastafile <- input$fastaFile
    req(inFile_fastafile)
    ext <- tools::file_ext(inFile_fastafile$datapath)
    validate(need(ext == "fasta","Please upload a fasta file"))
    dt.seq <- readAAStringSet(inFile_fastafile$datapath)
    tbl <- performDigestion(dt.seq) ##the time-consuming step
    return(tbl)
  }

接下来，我呈现一个数据表以在UI中呈现 fastafile_data 的结果：

output$dt_fastafile <- DT::renderDataTable({
withProgress(message = 'computation in progress,this step might take a while. Please wait...',{
  incProgress(1/1)
  fastafile_data()
  })
  },options = list(scrollX = TRUE,dom = 'lfrtip',pageLength = 10,lengthMenu = c(10,25,50,100)),rownames = FALSE)

在UI中，我还有两个附加组件（sliderInput和numericInput），在服务器端，我通过两个observeEvent处理它们的值。

我想实现的是每次触发这两个附加组件中的任何一个时，更新 fastafile_data 数据帧，而无需再次读取input $ fastaFile并重新运行耗时的performDigestion（）函数。理想情况下，我希望仅在用户上传新文件时再次触发上述响应过程。

我认为这里的问题出在我的逻辑上和/或存在我目前所缺少的在ShinyR中执行此操作的更聪明的方法？你能给我指出正确的方向吗？

编辑：

当我尝试通过第二个响应式fastafile_data处理响应式fastafile_data_new时，将重新执行第一个fastafile_data。

fastafile_data_new <- reactive({
    dt <- fastafile_data()
    ##### the condition I'd like to apply
    dt$identifiable <- ifelse(dt$length >= min_peptide_length$choice & dt$length <= max_peptide_length$choice & dt$`mass [Da]` < max_peptide_mass$choice,1,0)
    return(dt)
  })

解决方法

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