如何使用cscale和viridis调色板为igraph图着色连续变量的颜色？

问题描述

我正在igraph中绘制一个生物运输网络（在R中），我想基于边缘属性（在我的情况下为连续变量，称为“宽度”）以颜色渐变显示边缘。我不喜欢从以下位置获得的默认调色板：

plot(graph,edge.color=E(graph)$width)

在查看igraph绘图帮助时，我找到了一种从scales软件包中使用cscale更改此调色板的方法：

plot(graph,edge.color=cscale(E(graph)$width,palette = seq_gradient_pal(low = "yellow",high = "red")))

那很好，可能会坚持下去。但是我想知道我是否可以使用翠绿或浅色调色板。我还没有弄清楚该怎么做。主要问题是我无法为所有边缘分配颜色编码。例如，如果我只是这样做：

plot(graph,palette = viridis_pal())

我收到此警告：

In seq.default(begin,end,length.out = n) :
  first element used of 'length.out' argument

实际上，第一种颜色已应用到所有边缘

如果我尝试指定所有边缘的长度：

plot(graph,palette = viridis_pal()(ecount(graph))

我收到此错误消息：

Error in palette(x) : invalid argument type)

有什么想法吗？

解决方法

我遇到了类似的问题 --- 我想使用 viridis 调色板为边缘着色 --- 我用 SymbolixAU's colourvalues 解决了这个问题。

library(igraph)
library(viridis)
library(colourvalues)


# read in data frame with pairwise distances,# convert to lower triangular matrix,and 
# stash the column names for later use.  Then,g <- graph_from_adjacency_matrix(m,mode="lower",weighted=TRUE,add.colnames=TRUE)
V(g)$name <- colnames(m)
E(g)$color <- colour_values(E(g)$weight,palette = "viridis")
plot(g,vertex.label=V(g)$name,edge.width = E(g)$weight/10,edge.label=E(g)$weight,edge.color=E(g)$color)

最诚挚的感谢，SymbolixAU！