如何在Slurm中使用用户输入

问题描述

我正在寻找通过SLURM在shell提示中使用输入的方法。例如，当我使用简单的bash脚本时：

#!/bin/bash

echo What\'s the path of the files? 

read mypath

echo What\'s the name you want to give to your archive with the files of $mypath? 

read archive_name

echo Ok,let\'s create the archive $archive_name

for i in $mypath/*;
do if [[ -f $i ]]; then
   tar -cvf $archive_name $mypath/*;
   fi;
done

然后在提示中使用：

bash my_script.sh 

What's the path of the files? 
/the/path/of/the/files
What's the name you want to give to your archive with the files of $mypath?
my_archive.tar

它会创建档案my_archive.tar。但是现在，我必须在SLURM中使用该脚本。当我使用sbatch my_script.sh时，它将自动提交作业中的脚本，而我无法添加输入：/the/path/of/the/files和my_archive.tar

有什么主意吗？

解决方法

您有两个选择：

修改脚本，使其使用参数而不是交互式问题。

该脚本将如下所示：

#!/bin/bash

mypath=${1?Usage: $0 <mypath> <archive_name>}
archive_name=${2?Usage: $0 <mypath> <archive_name>}    

echo Ok,let\'s create the archive $archive_name

for i in $mypath/*;
do if [[ -f $i ]]; then
   tar -cvf $archive_name $mypath/*;
   fi;
done

此脚本将使用bash my_script.sh /the/path/of/the/files my_archive.tar而不是bash my_script.sh 运行。第一个参数在脚本的$1变量中可用，第二个参数在$2中，依此类推。请参见this for more info。

如果脚本未使用至少两个参数运行，则语法$(1?Usage...)是发出错误消息的简单方法。参见this for more information

或

使用Expect自动回答问题

expect命令是（来自文档）

根据脚本与其他交互式程序“对话”的程序。

您可以这样使用Expect脚本：

#!/usr/bin/expect
spawn my_script.sh
expect "What's the path of the files?"
send "/the/path/of/the/files\r"
expect -re "What's the name you want to give to your archive with the files of .*"
send "my_archive.tar\r"
expect

在将Expect脚本设为可执行文件后，它提供了以下内容：

$ ./test.expect 
spawn my_script.sh
What's the path of the files?
/the/path/of/the/files
What's the name you want to give to your archive with the files of /the/path/of/the/files?
my_archive.tar
Ok,let's create the archive my_archive.tar

您可以在Slurm提交脚本中运行Expect脚本。

bash sbatch slurm