问题描述
编码新手；背景是微生物生物信息学。我正在尝试运行 cutadapt 来过滤我的碱基对读取，但它不会过滤任何内容并且文件最终为空。我已经尝试使用 -h for cutadapt 上的建议更改脚本数十次，但没有任何效果。我的读数是 250 个碱基对。最新的 cutadapt 在我的其他文件上运行良好，但不适用于这些 Illumina 1.9 MySeq 250 bp 读数。
在编辑和运行脚本的某个时刻，它说读取未正确配对，尽管它没有理由这样做。那么为什么它不过滤任何读取，为什么它说我的读取配对不正确？我该如何解决？提前致谢！
python /project/geobiology/sw_local/cutadapt/bin/cutadapt -m 100 -M 250 -q 10 --quality-base=64 -f fastq -o ${sample}_1_trimmed.fq.gz -p ${sample}_2_trimmed.fq.gz ${sample}_1.fastq ${sample}_2.fastq >> cutadapt_primer_trimming_stats.txt 2>&1
解决方法
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