将环境conda中的shell命令与python脚本混合

问题描述

我想在环境conda中将shell命令与任何Python脚本混合使用，因此无法使用'run'部分...

我尝试过：

shell:"""
   gunzip -c {input.ech} | NanoFilt -l {params.min_length} --maxlength {params.max_length} -s {input.summary} -q {params.q} --readtype {params.rd} | gzip > Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz   
   python3 reinit.py
   while [[ -f Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz ]] && [[ grep -c '>' Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz < {params.cov} ]]; do
       python3 quality_minor.py
       gunzip -c {input.ech} | NanoFilt -l {params.min_length} --maxlength {params.max_length} -s {input.summary} -q {params.q} --readtype {params.rd} | gzip > Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz
   done
   mv Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz {output} 
"""

我的退出状态1为非零错误

reinit.py：

import yaml

with open("config_wf.yaml") as f:
    old_yaml = yaml.load(f)

old_yaml["params"]["filtration"]["quality"] = old_yaml["params"]["filtration"]["quality_fix"]  

with open("config_wf.yaml",'w') as f:
    yaml.dump(old_yaml,f,default_flow_style=False)

quality_minor.py：

import yaml

with open("config_wf.yaml") as f:
    old_yaml = yaml.load(f)

old_yaml["params"]["filtration"]["quality"] -= 1

with open("config_wf.yaml",'w') as f:
    yaml.safe(old_yaml,default_flow_style=False)

您对我有什么想法吗？
最好的问候，

伊娃

解决方法

（为了将来：您应该编辑问题以添加其他信息，而不是发布其他信息作为答案）

让我大吃一惊的主要问题是，您正在将shell命令（gunzip -c ...）与python代码（old_yaml = open("config_wf.yaml","r") ...）混合在一起。当外壳读取python代码时，它将引发错误。

如果您需要按照相同的规则执行python和shell代码，则可能需要以下代码：

rule filtration:
    input:
        ...
    output:
        ...
    params:
        ...
    run:
        shell('gunzip -c ...')

        old_yaml = open("config_wf.yaml","r")
        ...more python code here...

        shell(...) # Other shell commands

但是我不知道您的代码中可能还有其他问题，也许还有更好的方法可以满足您的需求。