使用pheatmap

问题描述

嘿，我是R的完整入门者，需要在接下来的几天中尽可能重现此热图。

我的数据是一个包含多张纸的xlsx文件，我尽力清除了它，并且应该采用正确的格式。我有2个时间点T0和T1作为字符，所以我无法运行pheatmap()函数。 如何将热图划分为T0和T1，并以正确的顺序构造样本ID？ 您是否有一个想法如何创建一个与给定示例尽可能相似的热图？

这是我在过去两天内能够生成的热图，没有T0和T1数据，因为它们是字符而不是数字值。现在，我想包括它们并按照给定的热图对Samlple ID进行正确排序。

all_data2 <- cbind(amino,sphingo,hexoses,phospha,lyso,all_data)
matrix_data <- as.matrix(all_data2[,3:73])
rownames(matrix_data) <- all_data2$`Sample Identification`

heatmap_final <- matrix_data[,!colnames(matrix_data) %in% c('Sample Identification.1','Sample Identification.2','Sample Identification')] 


pheatmap(
 mat               = log2(heatmap_final),scale             = "column",show_rownames     = TRUE,drop_levels       = TRUE,fontsize          = 5,clustering_method = "complete",main              = "Hierachical Cluster Analysis"
)

这是我现在包含T0和T1组的代码，但是我不能运行它，因为T值是字符。 您将如何更改代码以基本上尽可能地重现给定的热图并在我的基础上进行改进？

all_data2 <- cbind(amino,lysophospha,acyl)
matrix_data <- as.matrix(all_data2[,3:74])
rownames(matrix_data) <- all_data2$`Sample Identification`

heatmap_final <- matrix_data[,'Sample Identification','Time point.1','Time point.2')]

pheatmap(
  mat = log2(heatmap_final),scale = "column",show_rownames = TRUE,drop_levels = TRUE,fontsize = 5,main = "Hierachical Cluster Analysis"
)

此外，关于如何通过对数线插补轻松估算NA的任何想法，因此不会更改所得数据。

解决方法

重新。 “ T值是字符。”：T字符是否意味着TRUE逻辑值？如果是这样，并假设您正在从CSV文件中读取数据，则您需要1）读入时指定列类型，或2）使用以下方式更改data.frame中的列类型： .ologic（）

Df$mycolumn <- as.logical(Df$mycolumn)