在Github操作中将Python包中的Fortran模块导入时出现问题

问题描述

为了加快Python软件包中的部分代码的速度，我编写了一个Fortran子例程。在我的本地系统上可以正常工作。这是包的结构。

p_name/
        setup.py
        p_name/
               __init__.py
              fortran_sc_folder/
                               rsp.f95

这是setup.py（的一部分）：

from numpy.distutils.core import setup,Extension
ext1 = Extension(name='p_name.fortran_sc_folder.rsp',sources=['p_name/fortran_sc_folder/rsp.f95']) 

setup(
...
ext_modules = [ext1]
...
)

在程序内部，我使用以下代码访问模块：

import .fortran_sc_folder.rsp

它可以安装并正常工作，不会引起任何错误。但是，当我推送更改时，它无法通过GitHub操作。错误是：

E ModuleNotFoundError: No module named 'p_name.fortran_cs_folder.rsp'

您知道如何解决此问题，还有在Python包内使用Fortran代码的更好方法吗？

更新： 这是GitHub动作工作流程：

# This workflow will install Python dependencies,run tests and lint with a variety of Python versions
# For more information see: https://help.github.com/actions/language-and-framework-guides/using-python-with-github-actions

name: Python package

on:
  push:
    branches: [ master,develop ]
  pull_request:
    branches: [ master,develop ]

jobs:
  build:

    runs-on: ubuntu-latest
    strategy:
      matrix:
        python-version: [3.7,3.8]

    steps:
    - uses: actions/checkout@v2
    - name: Set up Python ${{ matrix.python-version }}
      uses: actions/setup-python@v2
      with:
        python-version: ${{ matrix.python-version }}
    - name: Setup conda
      uses: s-weigand/setup-conda@v1
    - name: Install dependencies
      run: |
        python -m pip install --upgrade pip
        pip install flake8 pytest
        if [ -f requirements.txt ]; then pip install -r requirements.txt; fi
        conda install -c conda-forge cartopy
        
    # - name: Lint with flake8
    #   run: |
    #     # stop the build if there are Python syntax errors or undefined names
    #     flake8 . --count --select=E9,F63,F7,F82 --show-source --statistics
    #     # exit-zero treats all errors as warnings. The GitHub editor is 127 chars wide
    #     flake8 . --count --exit-zero --max-complexity=10 --max-line-length=127 --statistics
    - name: Test with pytest
      run: |
        pytest

解决方法

@RossMacArthur的评论/问题之后，我意识到GitHub action上的包是代码库，而不是编译后的版本。由于使用Numpy库中的setup在安装过程中会编译Fortran代码（from numpy.distutils.core import setup），因此我们需要在GitHub工作流程中安装该软件包。结果，我在install dependencies部分的末尾添加了以下行。

pip install -e ../p_name

问题解决了。