问题描述
我是使用R进行数据分析的新手,我正在使用Self Organizing Maps和Kohonen软件包对RNAseq数据进行分析,以根据表达趋势对基因进行聚类。 我对分析的结果感到非常满意,因为我感兴趣的某些目标基因与其他基于基因本体论可能是有趣的相互作用子的基因最终位于同一簇中(简称为clusterX)。>
我使用了六边形网格,所以现在我想检查clusterX的6个相邻簇/节点,以查看它们包含哪些基因。
是否有办法知道感兴趣的clusterX的相邻集群是什么?
否则是否可以绘制显示每个群集的numberID的地图?similarly to what was done for the SOM attached here
预先感谢
解决方法
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