问题描述
我正在使用DICOM图像，尽管在使用imshow和matplotlib得出的轴extent使用extent时，我能够以正确的宽高比绘制它们，但是我遇到了问题手动设置SliceInd = 18时，绘图的纵横比。目的：将轴从像素数更改为体素的物理坐标（以毫米为单位）。
图像是SimpleITK“图像”-在这种情况下，每个3D图像都由一堆2D图像组成。为简单起见，下面仅绘制每个图像的单个切片（PixArr3D = sitk.GetArrayFromImage(Image)
）。对于不熟悉SimpleITK的用户，命令：
Image从sitk图像（FixIm）中创建一个numpy数组。
为说明问题，以下代码用于2x3（2行x 3列）子图。我遍历两张3D图像（MovIm和imshow）（沿行显示），并对每张图像绘制3次图像：一次未定义extent的“范围”（第1列），并手动设置PixAR两次：一次使用像素（x和y）的纵横比（AxisAR，第2列），一次使用轴本身的纵横比（ extent，第3列。
我关注了由贡献者提供的关于SO上类似问题的答案，这些问题涉及aspect（例如，Pyplot imshow not showing square pixels when setting aspect ratio和Change values on matplotlib imshow() graph axis）使用imshow和import numpy as np
import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
%matplotlib notebook
SliceInd = 18
Images = [FixIm,MovIm]
Txts = ['Session 1','Session 2']
Nrows = 2
Ncols = 3
fig,ax = plt.subplots(Nrows,Ncols,figsize=(14,7*Nrows))
subplotNum = 0
for i in range(len(Images)):
Image = Images[i]
Txt = Txts[i]
PixArr3D = sitk.GetArrayFromImage(Image)
# Get the variables required for pixel and axis aspect ratios,and
# the axis extent.
PixArrShape = PixArr3D.shape
# Get dimensions in [x,y,z] order:
PixDims = [PixArrShape[i] for i in [1,2,0]]
Origin = Image.Getorigin()
PixSpacings = Image.GetSpacing() # e.g. (0.8984375,0.8984375,5.0) => (x,z)
Orient = [Image.GetDirection()[i] for i in range(len(Image.GetDirection()))]
# Reverse the sign of the cross terms so that the vectors are defined in
# the same way as Pydicom:
for i in [1,3,5,6,7]:
Orient[i] = - Orient[i]
# Pixel aspect ratio:
PixAR = PixSpacings[1]/PixSpacings[0] # y/x
# Get the axis extent and aspect ratio.
# Since Origin is defined at voxel [0,0],the min/max x and y
# coordinates are given by Origin[0] and Origin[1] + the x and y
# components of the z-direction cosine (Orient[6] and Orient[7]):
Xmin = Origin[0] + SliceInd*PixSpacings[2]*Orient[6]
Ymin = Origin[1] + SliceInd*PixSpacings[2]*Orient[7]
Xmax = Xmin + PixDims[0]*PixSpacings[0]*Orient[0] + PixDims[1]*PixSpacings[1]*Orient[3]
Ymax = Ymin + PixDims[0]*PixSpacings[0]*Orient[1] + PixDims[1]*PixSpacings[1]*Orient[4]
AxisExtent = [Xmin,Xmax,Ymax,Ymin]
AxisDx = (Xmax - Xmin) / PixDims[0]
AxisDy = (Ymax - Ymin) / PixDims[1]
# Axis aspect ratio:
AxisAR = AxisDx / AxisDy
# Get 2D pixel array for axial perspective:
PixArr2D = PixArr3D[SliceInd,:,:]
# Sub-plots:
# Plot with default extent:
subplotNum += 1
ax = plt.subplot(Nrows,subplotNum)
ax.imshow(PixArr2D,cmap=plt.cm.Greys_r,aspect=PixAR)
ax.set_title(Txt + f'\naspect = PixAR = {PixAR}' \
+ '\nextent = default')
# Plot with extent=AxisExtent and aspect=PixAR:
subplotNum += 1
ax = plt.subplot(Nrows,extent=AxisExtent,aspect=PixAR)
ax.set_title(Txt + f'\naspect = PixAR = {PixAR}' \
+ '\nextent = AxisExtent')
# Plot with extent=AxisExtent and aspect=AxisAR:
subplotNum += 1
ax = plt.subplot(Nrows,aspect=AxisAR)
ax.set_title(Txt + f'\naspect = AxisAR = {round(AxisAR,2)}' \
+ '\nextent = AxisExtent')
。尽管我尝试遵循其他人的指导，但在维持像素的纵横比方面并没有成功。
ax.set_aspect(PixAR)
我也尝试添加以下行：
imshow在aspect命令之后。
我的直觉告诉我，PixAR应该设置为AxisAR而不是aspect，但是也许我误解了imshow中的PixAR参数。无论如何，我都尝试过同时使用AxisAR和console.log，很明显两者都没有保留长宽比。
我正在努力提出任何线索，说明为什么它无法按我预期的那样工作，所以任何建议都将不胜感激。
解决方法
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