根据鲁汶集群对andata进行子集设置

问题描述

我想基于集群对andata进行子集设置，但是我不知道该怎么做。

我正在运行scVelo管道，并且我运行了tl.louvain函数以基于Louvain对单元进行聚类。我大约有32个集群，其中第2集群和第4集群是我感兴趣的，并且我只需要在这些集群上进一步运行管道。 （起初，我有在scVelo中读取的织机文件，所以现在有了anndata。）

我尝试使用adata.obs["louvain"]来提供集群信息，但是我只需要编写一个只有两个集群的新的andata并进行进一步处理。

请帮助有关如何对andata进行子集化。非常感谢您的帮助。 （对它很新，我发现很难得到它）

解决方法

如果您运行a {。{1}}后希望adata.obs具有“ louvain”列，则可以将子集设置为 net use 如果您想获得一个集群 tl.louvain 用于获取群集2和4。