如何在不先复制的情况下裁剪ImageJ中的堆栈

问题描述

我正在使用imageJ对活细胞进行自动显微镜检查。

显微镜将载物台对准所需的细胞，进行Z形堆叠，然后将其传递到imageJ。

然后我想使用“分析粒子”输出每个Z切片中单元的面积。 （效果很好）

为此，我使用一个宏来执行以下操作：

1. 已选择区域。
2. 所选区域堆栈已重复
3. 堆栈是自动阈值的。
4. 为堆栈运行分析粒子（不包括边界上的对象）
5. 找到最大面积的结果
6. 将相应的z切片打印在文件中以进行进一步的工作。

这一切都很好，只不过重复步骤对于管道来说太慢了。我需要以某种方式避免重复步骤。

有没有没有先复制就可以裁剪堆栈的方法吗？ （目前，这会丢失除一片以外的所有信息）

或者，我可以应用阈值并仅对选定区域分析粒子吗？

解决方法

裁剪堆栈可以在宏使用完成run("Crop");下面的适当的选择。