如何在is.corr = FALSE

编程问答 2022-07-26

问题描述

我以前使用corrplot（my plot）制作了漂亮的功能和完美的实际腐蚀图。现在，我必须以相同的外观获取基础数据。因此，我的目标是使三角形相似度矩阵的颜色与我的Corrotation图相同。想象一下，就像excel中的条件格式一样。

我的数据：my Data from excel

Link to CSV Data file

它作为csv加载，可以完美读取csv

我的代码：corrplot(Phylogeny,is.corr=FALSE,method="number",cl.lim=c(0,1))

引发我的错误：Error in if (any(corr < cl.lim[1]) || any(corr > cl.lim[2])) { : Missing value,where TRUE/FALSE is required

  • 我确保所有列都是数字
  • 我确保用NA填充丢失的位（因为以前这是个问题）
  • 我确保我的所有值都在0到1之间，就像我希望极限值一样（在这之间，当我尝试某些操作时，它告诉我我的值不在极限范围内）
  • 更改限额后错误不会更改
  • 当我将is.corr = FALSE取出（默认值= TRUE）时，错误不会改变
  • 我玩着corrplot.mixed，但仍然无法正常工作
  • 一直在引用来自Corrplot Intro的信息

我已经研究过condformat function，但是我不确定是否可以像我在我的Corrotation图中所使用的那样根据整体梯度用一种颜色填充每个单元格。

我在这里想不想不想把漂亮的颜色给我的桌子回来吗？

解决方法

我遇到了同样的错误，但我能够通过将 data.frame 转换为 matrix 来修复它。我最终得到了 corrplot(as.matrix(df),is.corr = FALSE)。

,

如果我的理解正确的话，您发布的数据已经是一个相关矩阵 - 尽管不是在原始数据上调用 cor 会产生的那种完全对称的矩阵。

在这种情况下，问题只是您将变量名称（物种）作为数据中的一列。将此列更改为行名称，删除变量名称，并按照 user9536160 的建议调用 corrplot：

# read in your data    
phyl <- as.data.frame(read_csv("Phylogeny.csv"))

# name rows and drop variable names in the df itself
row.names(phyl) <- phyl$Species
phyl <- phyl %>%
  select(-Species)

# call corrplot
corrplot(as.matrix(phyl),is.corr = FALSE)

结果：

corrplot result

rrr-corrplot