问题描述
我想计算因子水平的特定对比（即1_1与3_3和1_3与3_1），但是不确定是否正确。
我猜想，当我运行plot（）函数时，它看起来像一个pair（）函数计算（此处未显示eff_size（contr）的函数）。而如果我绘制“ post”对象，它将给我所需的绘制，但与“ contr”对象的p值（如下）相比，p值错误。
非常感谢
post <- emmeans(fit,specs = contr ~ Condition,pbkrtest.limit = 4959)
Condition emmean SE df lower.CL upper.CL
1_1 6.77 0.0304 85.2 6.71 6.83
3_3 6.81 0.0304 85.1 6.75 6.87
1_3 6.88 0.0305 86.0 6.82 6.94
3_1 6.88 0.0305 85.8 6.82 6.95
degrees-of-freedom method: kenward-roger
Confidence level used: 0.95
levels(df$Condition)
[1] "1_1" "3_3" "1_3" "3_1"
c1_1 <- c(1,0)
c3_3 <- c(0,1,0)
c1_3 <- c(0,0)
c3_1 <- c(0,1)
contr <- contrast(post,method = list("1_1 - 3_3" = c1_1 - c3_3,"3_3 - 3_1" = c3_3 - c3_1),adjust = "bonferroni")
contr
contrast estimate SE df t.ratio p.value
1_1 - 3_3 -0.0408 0.0164 74.4 -2.490 0.0300
3_3 - 3_1 -0.0776 0.0165 76.2 -4.708 <.0001
plot(contr,comparisons = T)
pairs(contr)
contrast estimate SE df t.ratio p.value
1_1 - 3_3 - 3_3 - 3_1 0.0368 0.0284 75.1 1.294 0.1996
degrees-of-freedom method: kenward-roger
解决方法
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