R错误：“ mutate”输入“ type”存在问题 x`f`必须是一个因子或字符向量

问题描述

我在R中遇到了这些错误，我不知道如何解决。

错误：mutate()输入type出现问题。 x f必须是一个因子（或字符向量）。 i输入type为fct_relevel(type,c("hit","bad-hit [evalue > 0.01]","non-hit"))。

我很确定代码之前可以使用其他数据集，但是现在它会产生这些错误...

＃脚本到达我所在的位置（您可能需要安装生物弦）

BiocManager::install("Biostrings")

library(tidyverse) 
library(data.table)

  a <- 
                  "qseqid      sseqid  pident       length mismatch gapopen qstart qend  sstart    send   ppos evalue bitscore
                  KQJ81400 NC_012870.2 100.000        10        0       0     1354 1383  49691442  49691471 100.00   0.33   25.3
                  KQJ81513 NC_012871.2 100.000        11        0       0     1288 1256  77518889  77518857 100.00   0.00   30.4"
    
    blasts <- read.table(text=a,header = TRUE)
     


BrachCDS <- Biostrings::readDNAStringSet('ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-47/fasta/brachypodium_distachyon/cds/Brachypodium_distachyon.Brachypodium_distachyon_v3.0.cds.all.fa.gz') %>% as.data.frame() %>% rownames_to_column(var='gene') %>% 
rename(seq=x) %>% as_tibble()
    
 c <-

    ">KQJ81400 cds chromosome:Brachypodium_distachyon_v3.0:5:440113:447844:-1 gene:BRADI_5g00478v3 gene_biotype:protein_coding 
    >KQJ81513 cds chromosome:Brachypodium_distachyon_v3.0:5:1105857:1107846:-1 gene:BRADI_5g01198v3 description:hypothetical protein"
    
    B1000 <-fread(c,header = F,fill= T,select =c(1,2))



blasts <- blasts %>% arrange(qseqid,-pident,evalue,-bitscore) %>%
distinct (qseqid,.keep_all = T) %>%
mutate(evalue=round(evalue,digits = 2)) %>%
rename(subject_length=length) 

（我实际上有我自己的CDS文件，该文件为多行Fasta格式，仅带有qseqid，所以我认为这不是问题所在）

然后这是脚本的一部分，我得到一个错误：

B1000_SEQ <- BrachCDS %>% filter(gene %in% B1000$V1) %>%
mutate(length=nchar(seq)) %>%
left_join(blasts,by=c('gene'='qseqid')) %>%
           mutate(type=ifelse(is.na(evalue),'non-hit',ifelse(evalue <= 0.01,'hit','bad-hit [evalue > 0.01]')),type=fct_relevel(type,c('hit','bad-hit [evalue > 0.01]','non-hit')))

“ f”是什么意思？ “ f”甚至在哪里，为什么它不是一个因素？那“类型”又是怎么回事？ 任何对正在发生的事情或如何解决它的帮助将不胜感激！

编辑：解决了，看评论...我的坏

解决方法

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