如何从BioAlignments.jl比对中检索比对区域的序列索引？

问题描述

我想访问从BioAlignments.jl中的Julia对对函数返回的比对数据的索引，以了解在原始序列的上下文中比对发生的位置。

using BioAlignments
using BioSequences
scoremodel = AffineGapscoreModel(ednAFULL,gap_open=-5,gap_extend=-1);
my_alignment = pairalign(LocalAlignment(),dna"ATATTAGGTATTGATTATTGTACGCGGCCCGGC",dna"TTGATTATTGT",scoremodel)
alignment(my_alignment)

例如，这样的脚本将输出一个对齐对象，我可以通过score（）函数从中访问得分。但是，我想知道在作为输入提供的原始序列中哪里发生了对齐，并且知道如何调用存储此索引的变量。在文档的任何地方似乎都找不到。

解决方法

虽然我不使用这些库，但在Julia中解决此类问题的方法之一是dump这样的对象，结果人们可以找到所需信息的位置。

julia> dump(alignment(my_alignment))
PairwiseAlignment{LongSequence{DNAAlphabet{4}},LongSequence{DNAAlphabet{4}}}
  a: AlignedSequence{LongSequence{DNAAlphabet{4}}}
    seq: LongSequence{DNAAlphabet{4}}
      data: Array{UInt64}((3,)) UInt64[0x8814881844188181,0x4422244242184881,0x0000000000000002]
      part: UnitRange{Int64}
        start: Int64 1
        stop: Int64 33
      shared: Bool false
    aln: Alignment
      anchors: Array{AlignmentAnchor}((2,))
        1: AlignmentAnchor
          seqpos: Int64 10
          refpos: Int64 0
          op: Operation OP_START
        2: AlignmentAnchor
          seqpos: Int64 21
          refpos: Int64 11
          op: Operation OP_SEQ_MATCH
      firstref: Int64 1
      lastref: Int64 11
  b: LongSequence{DNAAlphabet{4}}
    data: Array{UInt64}((1,)) UInt64[0x0000084881881488]
    part: UnitRange{Int64}
      start: Int64 1
      stop: Int64 11
    shared: Bool false

现在您可以看到所需的信息在哪里：

julia> alignment(my_alignment).a.aln.anchors
2-element Array{AlignmentAnchor,1}:
 AlignmentAnchor(10,'0')
 AlignmentAnchor(21,11,'=')

这种方法的缺点是数据结构通常不是库API的一部分，并且随着新的包实现而可能随时间变化。

bioinformatics julia