问题描述
它应该非常简单，但是我被卡在了此操作中。我有兴趣提取块Edge Data：23,502 x3。并指出节点的名称。简而言之，我需要通过它们的名称知道每对节点的权重。
代码：
# A tbl_graph: 11539 nodes and 23502 edges
#
# An undirected simple graph with 2493 components
#
# Node Data: 11,539 x 3 (active)
name neighbors groups
<chr> <dbl> <int>
1 CHANSATITPORN N 1 1540
2 POBKEEREE V 1 1540
3 SAINIS G 4 361
4 HARITOS G 4 361
5 KRIEMAdis T 4 361
6 PAPASOLOMOU I 3 361
# … with 11,533 more rows
#
# Edge Data: 23,502 x 3
from to weight
<int> <int> <dbl>
1 1 2 1
2 3 4 2
3 3 5 2
# … with 23,499 more rows
解决方法
您可以仅在边缘上使用data.frame()提取边缘信息。您可以将Tidygraph对象名称替换为我命名为tg的示例tidygraph对象，下面的代码将为您工作。
library(igraph)
library(tidygraph)
library(tibble)
# https://tidygraph.data-imaginist.com/reference/tbl_graph.html
rstat_nodes <- data.frame(name = c("Hadley","David","Romain","Julia"))
rstat_edges <- data.frame(from = c(1,1,2,3,4,4),to = c(2,3),weight = c(1:9))
tg <- tbl_graph(nodes = rstat_nodes,edges = rstat_edges)
tg
#> # A tbl_graph: 4 nodes and 9 edges
#> #
#> # A directed simple graph with 1 component
#> #
#> # Node Data: 4 x 1 (active)
#> name
#> <fct>
#> 1 Hadley
#> 2 David
#> 3 Romain
#> 4 Julia
#> #
#> # Edge Data: 9 x 3
#> from to weight
#> <int> <int> <int>
#> 1 1 2 1
#> 2 1 3 2
#> 3 1 4 3
#> # ... with 6 more rows
# Get edge information ----
edge_list <-
tg %>%
activate(edges) %>%
data.frame()
edge_list
#> from to weight
#> 1 1 2 1
#> 2 1 3 2
#> 3 1 4 3
#> 4 2 1 4
#> 5 3 1 5
#> 6 3 2 6
#> 7 4 1 7
#> 8 4 2 8
#> 9 4 3 9
但是，如果您还希望在其中添加名称，则可以使用以下代码简单地提取节点信息并将数据连接在一起。
# Separate out edges and node data frames
tg_nodes <-
tg %>%
activate(nodes) %>%
data.frame() %>%
rownames_to_column("rowid") %>%
mutate(rowid = as.integer(rowid))
tg_edges <-
tg %>%
activate(edges) %>%
data.frame()
named_edge_list <-
tg_edges %>%
# Rename from nodes
left_join(tg_nodes,by = c("from" = "rowid")) %>%
select(-from) %>% # Remove unneeded column
rename(from = name) %>% # Rename column with names now
# Rename to nodes
left_join(tg_nodes,by = c("to" = "rowid")) %>%
select(-to) %>% # Remove unneeded column
rename(to = name) %>% # Rename column with names now
# Cleaning up
select(from,to,weight)
named_edge_list
#> from to weight
#> 1 Hadley David 1
#> 2 Hadley Romain 2
#> 3 Hadley Julia 3
#> 4 David Hadley 4
#> 5 Romain Hadley 5
#> 6 Romain David 6
#> 7 Julia Hadley 7
#> 8 Julia David 8
#> 9 Julia Romain 9
由reprex package（v0.3.0）于2020-09-21创建
,加载包 igraph() 并将函数 get.edgelist() 应用于激活的边集。要获得正确的输出，还应随后应用 data.frame()。您将获得命名的边缘列表。
library(igraph)
edge_list <-
tg %>%
activate(edges) %>%
get.edgelist() %>%
data.frame()
提取边然后与节点连接以获得已接受答案中的名称是直观的，但需要很多步骤。
使用 igraph::get.edgelist（第二个答案）的方法会丢失存储在边中的额外信息（在问题中：权重）。
这是一个应该有效的解决方案。
your_tbl_graph %>%
activate(edges) %>%
mutate(to_name = .N()$name[to],from_name = .N()$name[from]) %>%
as_tibble() %>%
select(from = from_name,to = to_name,weight)