计算每个区域的人类基因组三/二/单核苷酸含量

问题描述

我正在寻找帮助，以计算沿染色体每个区域的人类基因组hg38的核苷酸背景。最好是这样的。

具有309581范围和98个元数据列的GRanges对象：

       seqnames            ranges strand |       AAA       AAC       AAG       AAT       ACA       ACC       ACG       ACT
          <Rle>         <IRanges>  <Rle> | <numeric> <numeric> <numeric> <numeric> <numeric> <numeric> <numeric> <numeric>
   [1]        1           1-10000      + |         0         0         0         0         0         0         0         0
   [2]        1       10001-20000      + |    0.0104     0.015    0.0152    0.0056    0.0138    0.0224    0.0044    0.0106
   [3]        1       20001-30000      + |    0.0235    0.0127    0.0186    0.0154    0.0193    0.0155    0.0054    0.0147
   [4]        1       30001-40000      + |    0.0309    0.0104    0.0224    0.0174    0.0188    0.0129    0.0027    0.0127
   [5]        1       40001-50000      + |    0.0613    0.0217    0.0242    0.0347      0.03    0.0101    0.0025    0.0181

但是对于所有三/二/单核苷酸情况。 有任何想法吗？ A

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