问题描述
我的目标是使用> 300,000行的数据来计算距离矩阵。当然，这将创建约300 Gb的矩阵，我需要将其存储在硬盘驱动器上，因为此对象大小超出了我的RAM。
我发现了bigdist软件包https://cran.r-project.org/web/packages/bigdist/index.html，该软件包使用文件后端矩阵（FBM）格式将dist()结果存储在硬盘上。但是，出于两个原因，我宁愿使用paralleldist软件包：
- 它使用多个cpu内核实现矩阵计算的并行化。
- 它允许应用各种距离度量标准（例如“ mahalanobis”度量标准）。
我不知道如何组合这些软件包或任何选择来实现并行化和FBM存储。让我知道，如果您有任何建议。谢谢！
解决方法
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