问题描述
我正在尝试将一个Goslim本体放入Cytoscape的ClueGO中以分析我的数据。我找到了可以导入本体的地方以及包含本体（http://geneontology.org/docs/download-ontology/）的数据库；但是，不能下载OBO文件（Cytoscape描述为需要的文件）。有没有其他方法可以使本体进入Cytoscape？或其他数据库来下载本体？
解决方法
ClueGo本身包含最新的，更新的和手动注释的公共数据库，您可以将其检查为选项（带有更新链接的复选框）。可以通过clueGo查询的著名公共数据库是基因本体论（GO-包含亚类，例如生物过程，细胞位置和分子模块），Reactome（用于分子，免疫途径和化学过程），KEGG和WikiPathways。所有这些将为您提供与DAVID和GoSlim相同的优势。
ClueGo及其团队提供的另一项功能是相互作用的结合伴侣（或PPI），可在分子/免疫途径中可视化为子图。这是一个名为cluepedia的附加插件，如果可能的话，您应该检查一下！
最好
好吧