如何在蛇形配置文件Yaml文件中定义key = var参数

问题描述

snakemake的某些参数遵循key = value模式。我想将它们添加到snakemake配置文件yaml文件中。

例如，命令行参数应存储在snakemake配置文件中。

--default-resources mem=50 time=5

我尝试了以下两个选项，但没有用：

default-resources: "mem=50 time=5"

default-resources: 
  mem: 50
  time: 5

解决方法

我还没有测试过，但是由于我认为它是一个Yaml文件，所以我想您应该在每行添加一个破折号：

default-resources: 
  - mem: 50
  - time: 5

,

对我有用的是以下语法，与yaml定义有些矛盾。

default-resources: 
  - mem=50
  - time=5

将资源定义解释为字符串。