问题描述
我试图将16位numpy数组另存为16位PNG,但是我得到的只是一张黑色图片。我在这里放了一个关于我正在谈论的内容的最小示例。
im = np.random.randint(low=1,high=6536,size=65536).reshape(256,256) #sample numpy array to save as image
plt.imshow(im,cmap=plt.cm.gray)
鉴于上面的numpy数组,这是我在matplotlib中看到的图像,但是当我将图像另存为16位png时,我得到了下图:
import imageio
imageio.imwrite('result.png',im)
已保存图片:
其中可见一些浅灰色斑点,但图像基本上是黑色的。无论如何,当我读回图像并再次使用matplotlib对其进行可视化时,我会看到相同的起始图像。我还尝试了其他库而不是imageio
(例如PIL
或PyPNG
),但结果相同。
我知道16位图像值的范围是0到65535,在numpy数组中这里只有1到6536的值,但是我需要保存与此类似的numpy数组图像,即其中的最大值表示为该图像不是最大可表示值。我认为保存过程涉及某种规范化。我需要完全按照我在matplotlib中看到的格式保存数组,并且要以最大分辨率保存它们,并且它们的值不能压缩或缩小(因此不适合用255除法或转换为8位数组)。
解决方法
如果在写入PNG文件之前将数组的数据类型转换为imageio.imwrite
,看来numpy.uint16
会做正确的事情:
imageio.imwrite('result.png',im.astype(np.uint16))
当我这样做时,result.png
是一个16位灰度的PNG文件。
如果希望图像具有从黑色到白色的完整灰度范围,则必须将值缩放到[0,65535]范围。例如。像这样:
im2 = (65535*(im - im.min())/im.ptp()).astype(np.uint16)
然后您可以使用
保存该数组imageio.imwrite('result2.png',im2)
要将NumPy数组写入PNG文件,可以选择使用numpngw
(我创建的包)。例如,
from numpngw import write_png
im2 = (65535*(im - im.min())/im.ptp()).astype(np.uint16)
write_png('result2.png',im2)
如果您已经在使用imageio
,则使用numpngw
可能没有明显的优势。但是,它比imageio
的依赖要轻得多-它仅取决于NumPy(不依赖于PIL / Pillow,也不依赖libpng
)。