如何在包含不相交类的图上使用SPARQL查询？

问题描述

我创建了一个图，它由应用程序本体+病人ID（PID）到本体中特定节点的注释组成。输入数据由一列PID组成，每个PID都用制表符分隔的本体术语ID列表进行注释。添加到图形（使用rdflib）的输入数据如下所示：

    PID     TERM ID
    100011  MSPD_0002046    MSPD_0002037    MSPD_0002056                                                                
    100019  MSPD_0002044    MSPD_0002046    MSPD_0002055                                                                
    100028  MSPD_0002055                                                                        
    100030  MSPD_0002046    MSPD_0002049    MSPD_0002036    MSPD_0002055                                                            
            

我是SPARQL的新手，并编写了一个查询，该查询将提取Class ID，标签和IRI类，以及注释每个本体术语的所有患者的计数。输出看起来像这样：

   ClassLabel                  class_ID    instance_count
   entity                      BFO_0000001     2204
   continuant                  BFO_0000002     2204
   .
   .
   .
   conclusion about sensation  MSPD_0002024    1479

数据帧的长度约为50行，本体的每个节点一行。

我的问题是：执行查询时，上层节点的输出值不正确。该值仅对叶节点正确。我的顾问似乎认为这是由于不相交的类使查询混乱所致，但认为我们不需要以任何方式更改本体。

在解释这些不相交的类时，如何使用SPARQL访问所需的信息？有没有办法做到这一点，还是我需要使用一种完全不同的方法？

以下是我正在使用的SPARQL查询：

"""prefix mspd: <http://purl.obolibrary.org/obo/MSPD_>
   prefix rdfs: <http://www.w4.org/2000/01/rdf-schema#>
   prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>

   select ?class_iri (count(distinct ?instance_iri) a ?instance_count)
   where {
      ?class_iri a owl:Class . 
      ?instance_iri a ?class_iri;
             mspd:patient_id ?pid .
   }
   group by ?class_iri
   order by ?class_iri
   """

非常感谢您提出任何建议，如果有任何不清楚的地方，请告诉我。

解决方法

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