RDKit ERG节点属性名称python

问题描述

我正在使用RDKit提取特定分子的ERG [1]（扩展缩减图）图。在提取了ERG图的原始分子后，我正在创建一个图以用于进一步处理。

但是，我注意到某些原子/节点，当我尝试获取其符号时会导致“ *”。鉴于ERG方法具有许多抽象节点，例如Aromatic节点和横向憎水节点，所以我无法使用GetSymbol（）方法检索它们是正常的。

无论我尝试了多少种方法，我都无法提取此类节点的名称。我将需要这些节点的名称，因为它们将用于“图形编辑距离”技术中。

我要测试的分子之一是：CHEMBL318217，SMILES字符串：CC（C）（C）NC（= O）[C @@ H] 2C [C @@ H] 1SCC [C @@ H] 1CN2CC @@ HC @ HNC（= O）OCc4ccccc4

我的代码是：

def get_graph(mol): #From reference [2]
  Chem.Kekulize(mol)
  atoms = [atom.GetAtomicNum() for atom in mol.GetAtoms()]
  am = Chem.GetAdjacencyMatrix(mol,useBO=True)
  for i,atom in enumerate(atoms):
    am[i,i] = atom
  G = nx.from_numpy_matrix(am)
  return G

query = 'CC(C)(C)NC(=O)[C@@H]2C[C@@H]1SCC[C@@H]1CN2C[C@@H](O)[C@H](CSc3ccccc3)NC(=O)OCc4ccccc4'
mol = Chem.MolFromSmiles(query)
red = rdReducedGraphs.GenerateMolExtendedReducedGraph(mol)
G1 = get_graph(red)

for atom in red.GetAtoms():
    print(atom.GetSymbol()) #The last four symbols are *

非常感谢您的帮助！

一些参考文献：

[1] ErG：支架跳跃的2D药理学描述 nikolaus Stiefl，Ian A.Watson，Knut Baumann和Andrea Zaliani 化学信息与建模杂志2006 46（1），208-220 DOI：10.1021 / ci050457y

[2] http://proteinsandwavefunctions.blogspot.com/2020/01/computing-graph-edit-distance-between.html

解决方法

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