Nextflow：python脚本不保存输出

问题描述

我在Nextflow中使用Python脚本遇到问题，我的目标是在python脚本中编写一个文件，然后在nextflow中使用它，然后将文件保存在publishdir中（在其他过程中使用此文件之后）。 我在nextflow中的过程是这样的（文件是在之前定义的）：

process writefile{
publishDir "${params.output_dir}/formatted",mode: 'copy'
input:
path file from change_file
output:
path "formattedfile.txt" into file_changed
script:
"""
file2formattedfile.py ${file} formattedfile.txt
"""
}

python脚本：（我简化了实际过程，但本质是这样的），我需要在nextflow中获取保存在输出文件中的文件。

#!/usr/bin/env python3
import argparse
from sys import argv
def main():
   input,output = argv[1:3] 
   out = open(output,"w") 
   #My real operations are here
   out.write("Operations and text") 
   out.close() 

if __name__ == "__main__":
   main()

问题在于文件未保存在发布目录中，而是在nextflow的目录工作中，当我运行工作流时，该过程已完成而没有错误，但表示DataflowQueue（queue = []）

[e1/74e0ee] process > writefile (DataflowQueue(queue=[])) [100%] 1 of 1 ✔

谢谢！

-------------更新-------------

我将输入文件更改为file（）。 nextflow.config：

params {
  input_file = 'data/old_file.txt'
  output_dir = 'output_new'
}

main.nf

change_file = file(params.input_file)
process writefile{
publishDir "${params.output_dir}/formatted",mode: 'copy'
input:
path file from change_file
output:
path "formattedfile.txt" into file_changed
script:
"""
file2formattedfile.py ${file} formattedfile.txt
"""
}

这更改了nextflow的输出，但是我的输入文件不在发布目录中（而是在目录工作中）。

[7d/78559b] process > writefile (/home/myuser/Documentos/dir/pipeline_dir/data/old_file.txt) [100%] 1 of 1 ✔

writefile之后的路径是我的输入文件所在的路径，我不知道为什么（此目录中没有任何更改）。

解决方法

使用'change_file'通道输入的内容似乎有问题。如果'change_file'应该为value channel，请考虑以下事项：

params.change_file = 'my_change_file.txt'
params.output_dir = 'my_output_dir'

change_file = file(params.change_file)


process writefile{

    publishDir "${params.output_dir}/formatted",mode: 'copy'

    input:
    path infile from change_file

    output:
    path "formattedfile.txt" into file_changed

    """
    file2formattedfile.py "${infile}" formattedfile.txt
    """
}

结果：

[d6/5173c1] process > writefile [100%] 1 of 1 ✔

如果上述方法无济于事，请说明如何创建“ change_file”频道。