从R中的lme4包捕获收敛消息

编程问答 2022-06-11

问题描述

我想知道是否可以编写逻辑测试（TRUE/FALSE）来显示lme4包中的模型是否已经收敛？

下面显示一个示例，我想捕获是否有任何模型带有收敛警告（即Model Failed to converge）消息？

library(lme4)

dat <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/nc.csv')

m <- lmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id),data = dat)

Warning message:
In checkConv(attr(opt,"derivs"),opt$par,ctrl = control$checkConv,:
  Model Failed to converge with max|grad| = 0.00279 (tol = 0.002,component 1)

解决方法

我们可以使用tryCatch，并使用withCallingHandlers从this帖子中汲取灵感。

dat <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/nc.csv')

m <- tryCatch({
          withCallingHandlers({
            error <- FALSE
            list(model = lmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id),data = dat),error = error)
          },warning = function(w) {
              if(grepl('failed to converge',w$message)) error <<- TRUE
          }
          )})


m$model
#Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
#Formula: math ~ ses * sector + (ses | sch.id)
#   Data: dat
#REML criterion at convergence: 37509.07
#Random effects:
# Groups   Name        Std.Dev. Corr
# sch.id   (Intercept) 1.9053       
#          ses         0.8577   0.46
# Residual             3.1930       
#Number of obs: 7185,groups:  sch.id,160
#Fixed Effects:
#(Intercept)          ses       sector   ses:sector  
#     11.902        2.399        1.677       -1.322  
#convergence code 0; 0 optimizer warnings; 1 lme4 warnings 

m$error
#[1] TRUE

输出m是包含model和error元素的列表。

如果在创建模型后需要测试警告，则可以使用：

is_warning_generated <- function(m) {
  df <- summary(m)
  !is.null(df$optinfo$conv$lme4$messages) && 
           grepl('failed to converge',df$optinfo$conv$lme4$messages)
}

m <- lmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id),data = dat)
is_warning_generated(m)
#[1] TRUE
,

我们可以使用safely中的purrr。它还将返回error作为list元素并捕获错误。如果没有错误，它将为NULL 

library(purrr)
safelmer <- safely(lmer,otherwise = NA)
out <- safelmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id),data = dat)
functionfunctionfunctionlme4rrregression