如何在模块文件中设置USIF专用变量“ GLIBC”？

问题描述

我正在基于Slurm的HPC集群中工作，过去五年来我一直在这样做。我们加载和卸载分析所需的模块，其中包括gcc之类的编译器。直到两天前，这对我来说都是无缝的。在过去的两天内，每次尝试加载任何模块时，都会出现此错误：

Couldn't set USIF specific variable "GLIBC" in modulefile - please contact
 system administration! (Refer to UMEA register_USIF.sh utility.)

互联网一直没有帮助，因为似乎已经没有任何问题可以解决。系统管理员当前未回复我的邮件，因此我的工作已完全停止。

我试图从另一台计算机和另一个帐户挂载/卸载模块，并且工作正常，因此问题与我的帐户绑定。

这里的任何人以前有这个问题的经验吗？如果是这样，可能是什么开始了？我什至不知道从哪里开始寻找，或者是什么原因导致的，因为我们没有安装自己的编译器。

编辑＃1：

对于我的$LD_LIBRARY_PATH值得（不确定）的样子：

LD_LIBRARY_PATH=:/cm/shared/apps/slurm/current/lib:/cm/shared/apps/slurm/current/lib/slurm

一开始我对:有点怀疑。是否缺少第一部分？我还没有碰到这个变量。

编辑＃2：

在进行其他一些挖掘之后，将我的环境与一个没有问题的同事进行了比较，我发现env中缺少以下三个变量：

UMEA_HOME=/opt/sw/UMEA/current
UMEA_INCLUDE=/opt/sw/UMEA/current/include
UMEA_CONFIG=/opt/sw/UMEA/current/config

我还发现$CPATH以:之类的$LD_LIBRARY_PATH开头，而他的$CPATH却不是：

CPATH=:/cm/shared/apps/slurm/current/include

我尝试export ...他们，但没有帮助。但是，这使我认为存在一个更深层次的问题。

编辑＃3：

按照下面注释中的要求，我已经完成module show gcc/5.3来查看实际的模块文件。这是内容：

#%Module######################################################################
##

source $env(UMEA_INCLUDE)/vsc_include.tcl
source $env(UMEA_INCLUDE)/common_include.tcl
source $env(UMEA_INCLUDE)/prereq_include.tcl

set verbosity 0
set_versions 
set base_path  [ load_unload ]
set_paths $base_path $module_name
set_version_number 2

setenv CC gcc
setenv CXX g++
setenv FC gfortran
setenv F77 gfortran
setenv F90 f95
setenv GDB gdb
setenv VSC_COMPILER_NAME ${module_name}
setenv VSC_COMPILER_VERSION ${module_version}

解决方法

与HPC群集的sysadmin一起，我们已经解决了它。这确实是一个愚蠢的事情，我发布答案只是为了让其他人也有同样的问题，知道他们要去哪里找，而又不会浪费几天的试验和错误。

问题源于$PATH。在某些情况下，您可能想通过执行$PATH来更新PATH=/my/extra/path/directory:${PATH}变量，但是在这种情况下，我必须像在PATH=${PATH}:/my/extra/path/directory中那样，将多余的路径放在最后。

直到两天前，这才成为问题，五年来它一直运行良好。也许他们在sysadmin方面做了一些更改，以便在我的$PATH中找不到所需的可执行文件。

我检查了一下，并且我是唯一在$PATH中修改了.bashrc的同事之一。那可以解释为什么只有我有这个问题。

无论如何，如果您正在阅读本文并且遇到相同的问题，那么您知道应该去哪里看看。