如何减少大相关矩阵

编程问答 2022-06-11

问题描述

我有一个非常大的（10000x10000）相关矩阵，想在热图中显示它。我想这样做是不可能的，那就是要用一些阈值来缩小矩阵。

    cellA <- data.frame(rnorm(10000,mean = 0,sd=1),rnorm(10000,sd=1))
    row.names(cellA) <- paste("G_",1:10000)
    colnames(cellA) <- paste("M_",1:10)
    corr <- cor(t(cellA))
    threshold <- 0.6
    gene.corrlation <- corr
    diag(gene.corrlation) <- 0
    sig.corr <- apply(abs(gene.corrlation) >= threshold,1,any)
    filter.corr.gene <- corr[sig.corr,sig.corr]

我希望能帮助我了解如何获得高于0.6的值。

解决方法

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