在Pheatmap的行上添加带有图例的颜色

问题描述

我创建了一个热图，我想在带有图例的行上添加颜色

我明白了：

here

我想要一个只有行数据才有颜色的图例：

exists

我的代码是：

library(pheatmap)
test = matrix(rnorm(200),20,10)
test[1:10,seq(1,10,2)] = test[1:10,2)] + 3
test[11:20,seq(2,2)] = test[11:20,2)] + 2
test[15:20,2)] = test[15:20,2)] + 4
colnames(test) = paste("Test",1:10,sep = "")
rownames(test) = paste("Gene",1:20,sep = "")

# Draw heatmaps
pheatmap(test)

解决方法

在pheatmap中进行注释的本机支持方式是使用annotation_row，如下所示，这将在热图的左侧添加注释轨道：

gene_annot <- data.frame(Experiment = rep(c("Exp1","Exp2"),each = 10),row.names = rownames(test))
pheatmap(test,annotation_row = gene_annot)

但是，如果要按照建议的方式进行操作，可以使用grid和gridExtra进行，这是一个非常手动的过程：制作热图，修改{{ 1}}对象，然后创建图例，然后将图例添加到表中。

图书馆（网格） 库（gridExtra）

gtable