如何重新缩放图以将群集节点进一步分开，并在igraph中命名群集？

问题描述

我有节点和边的信息，并试图以此绘制网络图。节点信息具有1552行，其中包含以下信息：

边缘信息包含四列，其中包含1203576个条目。

使用我在下面的代码中使用的节点和边数据来绘制网络图。

library(igraph)
net <- graph_from_data_frame(d=edges,vertices=nodes,directed=F)

plot(net,edge.arrow.size=.4,vertex.label=NA,vertex.color=as.numeric(factor(nodes$type)))

Grouped.net = net
E(Grouped.net)$weight = 1

colnames(nodes)[4] <- "Clusters"

## Add edges with high weight between all nodes in the same group
for(Clus in unique(nodes$Clusters)) {
  GroupV = which(nodes$Clusters == Clus)
  Grouped.net = add_edges(Grouped.net,combn(GroupV,2),attr=list(weight=500))
} 


## Now create a layout based on G_Grouped
set.seed(567)
LO = layout_with_fr(Grouped.net)

# Generate colors based on media type:
colrs <- c("gray50","yellow","tomato")
V(net)$color <- colrs[V(net)$type_num]


plot(net,layout=LO,edge.arrow.size=0,asp=0,vertex.size=4)
legend(x=-1.5,y=-1.1,c("typeA","typeB","typeC"),pch=21,col="#777777",pt.bg=colrs,pt.cex=2,cex=.8,bty="n",ncol=1)

我得到的情节如下：

上图中有5个簇。

如何增加群集之间的空间？如何将它们移远？以及如何调整边缘？他们看起来很奇怪。
如何在图中命名群集？
如何将节点typeC置于顶部？他们的数量很少。由于typeA的数量众多，因此typeC在下面。

感谢您的帮助。 thanq。

解决方法

您有几个问题。我将尝试回答所有问题，但顺序不同。

设置

library(igraph)
edges = read.csv("temp/edges_info_5Clusters.csv",stringsAsFactors=T)
nodes = read.csv("temp/nodes_info_5Clusters.csv",stringsAsFactors=T)

问题3。如何将typeC节点置于顶部？
按照节点编号的顺序绘制节点。为了得到要显示的类型很少，我们需要那些节点来获得最高的节点号。因此，只需对类型进行排序即可强制节点进入订单TypeA，TypeB，TypeC。

nodes = nodes[order(nodes$type),]
net <- graph_from_data_frame(d=edges,vertices=nodes,directed=F)

我将直接转到您在其中进行过的分组绘图您的代码以显示结果。

Grouped.net = net
E(Grouped.net)$weight = 1
colnames(nodes)[4] <- "Clusters"

## Add edges with high weight between all nodes in the same group
for(Clus in unique(nodes$Clusters)) {
  GroupV = which(nodes$Clusters == Clus)
  Grouped.net = add_edges(Grouped.net,combn(GroupV,2),attr=list(weight=500))
} 

## Now create a layout based on G_Grouped
set.seed(567)
LO = layout_with_fr(Grouped.net)

colrs <- c("gray50","yellow","tomato")
V(net)$color <- colrs[V(net)$type_num]

plot(net,layout=LO,edge.arrow.size=0,vertex.label=NA,vertex.size=4,edge.color="lightgray")
legend(x=-1.5,y=-1.1,c("typeA","typeB","typeC"),pch=21,col="#777777",pt.bg=colrs,pt.cex=2,cex=.8,bty="n",ncol=1)

好的，现在TypeC和TypeB更加可见，但是五个群集的布局很差。为了获得更像您的第二张（示例）图的图像，我们需要按层次构造布局：首先对集群进行布局，然后分别对集群中的点进行布局。五个群集的布局很简单。

F5 = make_full_graph(5)
Stretch = 6
LO_F5 = Stretch*layout.circle(F5)
plot(F5,layout=LO_F5)

现在，我们需要在每个聚类中布置点，并将它们隔开使用刚创建的集群布局。但是这里需要权衡。如果将群集分开，则所有节点都将很小很难看到。如果您希望节点更大，则需要使聚拢在一起（以便它们都适合地块）。你有如此多的链接，无论您做什么，这些链接都会一起模糊作为灰色背景。我选择了吸引我的中间立场，但我邀请您探索因子Stretch的不同值。 Stretch的值越大，聚类越远较小的节点。较小的值将使群集更加紧密与更大的节点。选择适合您的东西。

set.seed(1234)
HierLO = matrix(0,ncol=2,nrow=vcount(net))
for(i in 1:length(levels(nodes$Clusters))) {
    CLUST = which(nodes$Clusters == levels(nodes$Clusters)[i])
    SubNet = induced_subgraph(net,V(net)[CLUST])
    LO_SN = scale(layout_nicely(SubNet))
    HierLO[CLUST,] = LO_SN + 
        matrix(LO_F5[i,],nrow=vcount(SubNet),byrow=TRUE)
}

plot(net,layout=HierLO,edge.color="lightgray")

现在您可以看到所有TypeC节点和大多数TypeB（群集1中有很多TypeB的情况除外）。

最后，让我们添加集群标签。这些仅需要相对于群集中心放置。这些中心是布局LO_F5给定的种，但是igraph绘图会重新调整布局的比例，以使绘图实际具有范围（-1,1）。我们可以自己重新缩放LO_F5，然后稍微拉伸位置，使标签位于圆的外面。

LO_Text = LO_F5
LO_Text[,1] = 2*(LO_F5[,1] - min(LO_F5[,1]))/(max(LO_F5[,1]) - min(LO_F5[,1])) -1
LO_Text[,2] = 2*(LO_F5[,2] - min(LO_F5[,2]))/(max(LO_F5[,2]) - min(LO_F5[,2])) -1
text(1.2*LO_Text,labels=levels(nodes$Clusters))
legend(x=-1.5,ncol=1)

链接仍然是一个问题，但是我认为这可以解决您的其他问题。

graph igraph network-analysis r

如何重新缩放图以将群集节点进一步分开，并在igraph中命名群集？

问题描述

解决方法

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