如何将饼形图添加到ggplot系统发育树的尖端？

问题描述

我试图在树的顶端用饼图制作系统发育树，但是我真的对如何做到这一点感到困惑。

这是一个简单的虚构示例

library("treeio")
library("ggtree")

nwk <- system.file("extdata","sample.nwk",package="treeio")
tree <- read.tree(nwk)

ggplot(tree,aes(x,y)) + geom_tree() + theme_tree() + geom_tiplab()

如果我现在想在标签名称右边的每个提示处都包含一个小的饼图（因此带有字母的标签名称仍应存在），该怎么办？

解决方法

此代码应该可以正常工作，将ggplot与ggtree一起使用

library(ggtree)
library(reshape2)
library(ggplot2)

set.seed(2020-12-18)

## generate random data with 15 tips
num_tips = 15
tr <- rtree(num_tips)
p <- ggtree(tr)

a <- runif(num_tips,0.33)
b <- runif(num_tips,0.33)
c <- runif(num_tips,0.33)
d <- 1 - a - b - c
dat <- data.frame(a=a,b=b,c=c,d=d)

## melt the dataframe to create pie-charts
dat.m = melt(dat,id.vars = "tip")

## create list to hold all pie charts
pies = list()
for (i in 1:num_tips) {
  curr_dat = melt(dat[i,])
  ## create a ggplot object for each pie chart
  pies[[i]] =  ggplot(curr_dat,aes(y = value,fill = variable,x="")) + 
    geom_bar(stat = "identity") +
    coord_polar("y",start=0) +
    theme_void() + scale_fill_brewer(palette = "Set1",guide = F)
}
# give them the appropriate names and plot on tree
names(pies) = 1:15
inset(p,pies,width=0.1,height=0.1,hjust=0)