从4d NetCDF文件中提取海底数据

问题描述

我有用于海洋pH值，o2等的全局4D NetCDF文件。每个文件都有1个变量和4个维度（时间，经度，纬度和深度）。我正在寻找从不包含NA的每个单元的最深处提取数据。我曾尝试将NCO的ncks与负超平板一起使用：

ncks -d depth,-1 in.nc out.nc

但是，这仅给我提供了最深深度的数据（即-5700 m深度的数据），并输出了海洋所有较浅区域的NaN。有没有办法以类似的方式提取数据，但是指定我想要每个单元格的最深非NaN值？

我可以使用R，CDO或NCO。预先感谢您提供的任何帮助。

解决方法

如果您能够运行一个简单的Python脚本，则可以使用nctoolkit（https://nctoolkit.readthedocs.io/en/latest/installing.html）来完成，该工具使用CDO作为后端。对于一个文件，您将执行以下操作：

import nctoolkit as nc
data = nc.open_data("infile.nc")
bottom = nc.open_data("infile.nc")
bottom.bottom_mask()
data.multiply(bottom)
data.vertical_sum()
data.to_nc("outfile.nc")