将统计测试与rstatix和每种类别的颜色填充相结合

编程问答 2022-06-11

问题描述

我使用以下代码通过ggplot2绘制小提琴图：

Cells1 %>%
  ggplot(aes(x=IR_time,y=AreaShape_Area,fill=IR_time)) +
  geom_violin(col=NA) +
  guides(fill=FALSE) + 
  stat_summary(fun.data=data_summary,col = "black") +
  theme_gray() + 
  ggtitle("Cell area after irradiation (3Gy)") +
  ylab("\nArea (pixels)") + 
  xlab("\nDays after exposure to 3Gy\n") +
  scale_fill_manual(values=wes_palette(n=5,name="Moonrise3")) +
  theme(
    plot.title = element_text(size=16),axis.title = element_text(size=12,face="bold"),axis.text = element_text(size=12))

这将产生以下情节：

Violin plot

现在，我要执行统计检验（此处为成对t检验），并将结果添加到绘图中。我使用rstatix包。 所以这是新代码：

stat.test <- Cells1 %>%  pairwise_t_test(AreaShape_Area ~ IR_time,pool.sd=FALSE,p.adjust.method="bonferroni",ref.group="0") %>% 
  add_y_position()

    Cells1 %>%
      ggplot(aes(x=IR_time,fill=IR_time)) +
      geom_violin(col=NA) +
      guides(fill=FALSE) + 
      stat_summary(fun.data=data_summary,col = "black") +
      theme_gray() + 
      ggtitle("Cell area after irradiation (3Gy)") +
      ylab("\nArea (pixels)") + 
      xlab("\nDays after exposure to 3Gy\n") +
      scale_fill_manual(values=wes_palette(n=5,name="Moonrise3")) +
      theme(
        plot.title = element_text(size=16),axis.text = element_text(size=12)) +
      stat_pvalue_manual(stat.test)

但这会导致此错误：

错误：美学的长度必须为1或与数据（4）相同：填充

显然，这来自aes（）中的fill = IR_time参数。 如果我用fill =“ blue”代替它，则可以使用，但没有错误消息。 但是我想同时使用两种颜色，具体取决于IR_time和绘图的统计信息。

您是否知道如何解决？

解决方法

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ggplot2rrt-testviolin-plot