问题描述
Snakemake似乎以广度优先的方式遍历DAG。是否有可能(例如通过一个选项/标志/等等)强迫snakemake遍历DAG的深度优先?
解决方法
我想出的一种方法是为每个规则设置优先级:
rule all:
input:
["third_a.txt","third_b.txt","third_c.txt"]
rule first:
output:
touch("first_{sample}.txt")
priority: 1
rule second:
input:
rules.first.output
output:
touch("second_{sample}.txt")
priority: 2
rule third:
input:
rules.second.output
output:
touch("third_{sample}.txt")
priority: 3
,如果您现在使用snakemake -j 1
运行它,它将首先执行深度操作!