从ImageJ导出的.tif文件导入到R白色中,从而缩小了比例

问题描述

我进行了一些叶子扫描,这些扫描已导入ImageJ,并通过“设置比例...”设置比例,并导出为.tif文件。 我需要将它们用作栅格,因此需要保持像素的分辨率(厘米/像素)。如果将.tif文件导入ArcGis,程序将正确读取比例并以正确的方式进行设置。 下面是在ArcGis中导入并保存为.tiff,然后通过raster在R中导入的图像的示例:

dimensions : 1916,1380,2644080  (nrow,ncol,ncell)
resolution : 0.004310345,0.004310345  (x,y)
extent     : 0,5.948276,8.258621  (xmin,xmax,ymin,ymax)
crs        : NA 
source     : C:/Users/lucad/Desktop/Video/Mask.tif 
names      : Mask 
values     : 0,255  (min,max)

但是,我需要将它们导入R以进行以后的分析,并且我希望避免通过ArcGis进行操作。我已经尝试了多个软件包,例如RImageJijtiffRImageJROIraster,以正确的分辨率和范围将文件导入为栅格,但是都丢失了信息。这是一个raster的示例:

dimensions : 1140,1376,1568640  (nrow,ncell)
resolution : 1,1  (x,1140  (xmin,ymax)
crs        : NA 
source     : C:/Users/blue_/Desktop/Video/TOS1_A10_T5_MASK.tif 
names      : TOS1_A10_T5_MASK 
values     : 0,max)

如果我尝试通过extent(x)<-c(0,8.258621)强制扩展范围,则它可以正常工作并且还可以设置正确的分辨率,但这非常耗时,因为每个图像的扩展区都不相同,因此我想避免这种情况。相反,所有图片的分辨率(厘米/像素)都相同,但是如果我尝试强制res(x)<-c(0.004310345,0.004310345),则光栅给了我一些奇怪的结果。

dimensions : 264480,319232,84430479360  (nrow,-4.56e-05,ymax)
crs        : NA 

有一种方法可以正确导入具有正确分辨率的图像?或者,如果不可能,是否可以正确设置分辨率?

谢谢。

解决方法

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