问题描述
我有两组来自两个不同蝙蝠物种基因组的相应同源序列，每组都在自己的fasta文件中。
例如，对于蝙蝠物种1，我在sp1.fasta中有一组序列，格式为
> ID_10
GAATCCCCCTATGATGTCCACGATTATATTCGTTCCTGCCTGGGGGACACGCTGGAAGCCA
> ID_1
TCAAGTTGCTCAGCGGACGCATGACGCCCCCGTTGTACCTGCAGCTGCTCATGGCTATTTC
> ID_40
TCGGGTTGCTATTATGCGGCGCAAAATAATCGGAGGAAGCGAGGAAAACTTGGGAATTTCC
...
> ID_1963
TCGGGTTGCTATTATGCGGCGCAAAATAATCGGAGGAAGCGAGGAAAACTTGGGAATTTCC \
对于蝙蝠2，我在sp1.fasta中有一组序列，格式为
> ID_167
CCCATGCCGGCTCCGGTAGAATCCAGGCGGCGAGTCCGATTGGTTGGGCGCACCAAAACAA
> ID_500
TTACAAGGGTTCAATTAAAAGATATCTTAATTCTAAATGATATAATAGAAAATATATAATA
...
> ID_1
TCAAGTTGCTCAGCGGACGCATGAGGCCCCCGTTGTACCTGCAGCTGGTCATGGCTATTTC
> ID_2
TCGGGTTGCAATTATGCGGCGCAAAATAATCGGAGGAAGCGAGGAATACTTGGGAATTTCC
...
> ID_1895
GGACCACTCAGGCTGAGGTACAGGGCAGAGAAGGACACTTCCAGAGAGATACCTCAGCATG \
每个fasta文件的序列数量略有不同（物种1具有1963个序列，物种2具有1895个序列）。但是，fasta文件中的序列都具有一个ID作为fasta头-并且集合之间匹配的fasta头ID表示同源序列。而且，所有序列的长度相同（111个碱基对）
我正在寻找一个程序，使我可以对这些同源序列集进行对齐（即，对每个同源对进行对齐，并按Fasta标头ID进行匹配）。最终目标是构建同源物的成对距离矩阵
对于这个问题我使用的术语不正确，我深表歉意！我对基因组学和计算学都非常陌生。任何帮助将不胜感激
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！
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