如何在Pycharm中使用RDKit可视化分子？

编程问答 2022-06-10

问题描述

如何在pycharm中使用RDKit可视化分子？

跟随链接：https://iwatobipen.wordpress.com/2015/08/05/draw-molecule-in-rdkit/

以下代码将在jupyter笔记本中显示分子的图像，但是Pycharm不显示图像：

from __future__ import print_function
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from IPython.display import SVG
from rdkit import rdBase
from rdkit.Chem import rdDepictor
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
mol = Chem.MolFromSmiles( "CN1CCN(S(=O)(C2=CC=C(OCC)C(C3=NC4=C(N(C)N=C4CCC)C(N3)=O)=C2)=O)CC1" )
rdDepictor.Compute2DCoords(mol)
drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(400,200)
drawer.DrawMolecule(mol)
drawer.FinishDrawing()
svg = drawer.GetDrawingText().replace('svg:','')
SVG(svg)

我如何可视化Pycharm中的分子图像？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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displaypycharmrdkitsvg