问题描述
这更多是一个一般的统计问题,而不是我的代码有问题(尽管经常发生)。因此,情况如下:
我已使用 glmer 函数(lme4软件包)使用以下代码拟合了逻辑模型:
library(lme4)
library(ggplot2)
library(see)
library(Ggally)
library(performance)
## Preparing the data
## Moose presence
Moose_pr2 <- read.delim(file.choose(),header = T)
Moose_pr2$Forest_stage <- factor(Moose_pr2$Forest_class,levels = c(1:4),labels = c("Clearcut","Young","Thinned","Mature"))
Moose_pr2$Wolf_presence <- factor(Moose_pr2$Wolf.territory,levels = c(0:1),labels = c("Absent","Present"))
Moose_pr2$Moose_presence<- factor(Moose_pr2$Moose.presence,"Present"))
Moose_pr2$distance_forest_roads <- Moose_pr2$Small.roads/1000
Moose_pr2$distance_main_roads <- Moose_pr2$Big.roads/1000
Moose_pr2$RAWO_presence<- factor(Moose_pr2$RASE.presence,"Present"))```
#Select variables of interest
Moose.data<- Moose_pr2 %>%
select(Taxar,Moose_presence,Wolf_presence,Forest_stage,distance_main_roads,distance_forest_roads,Pine_proportion,RAWO_presence)
## Run the logistic model
Moose_presence2 <- glmer(Moose_presence~Wolf_presence*Forest_stage + distance_main_roads + distance_forest_roads +
Pine_proportion + RAWO_presence + (1|Taxar),data = Moose.data,family = binomial(link = "logit"),na.action = "na.fail")
#Check for collinearity
a <- check_collinearity(Moose_presence2)
plot(a)
a
这是共线性检查的结果:
# Check for multicollinearity
Low Correlation
Parameter VIF Increased SE
distance_main_roads 1.06 1.03
distance_forest_roads 1.08 1.04
Pine_proportion 1.18 1.09
RAWO_presence 1.07 1.03
Moderate Correlation
Parameter VIF Increased SE
Forest_stage 5.71 2.39
High Correlation
Parameter VIF Increased SE
Wolf_presence 25.39 5.04
Wolf_presence:Forest_stage 76.92 8.77
>
现在,当不包括交互项时,不同变量之间根本就没有共线性。
Moose_presence2 <- glmer(Moose_presence~Wolf_presence+Forest_stage + distance_main_roads + distance_forest_roads +
Pine_proportion + RAWO_presence + (1|Taxar),na.action = "na.fail")
#Collinearirty check result
Low Correlation
Parameter VIF Increased SE
Wolf_presence 1.02 1.01
Forest_stage 1.21 1.10
distance_main_roads 1.06 1.03
distance_forest_roads 1.08 1.04
Pine_proportion 1.18 1.09
RAWO_presence 1.07 1.03
我想知道下一步应该做什么。我该如何解释?多重共线性仅仅是相互作用项的结果吗?可以不理会它,还是可以以某种方式解决它?我知道可以使用居中平均值对连续变量进行标准化,但这对因子变量确实不起作用吗?
重要的是,如果因子变量作为整数变量而不是因子作为整数变量包含在模型中,则根本不存在共线性问题。
如果有人遇到类似问题,或者比我更了解因子变量之间的多重共线性和相互作用项,我将非常感谢您的帮助! 非常感谢
乔治亚州
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法,小编努力寻找整理中!
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