使用r从ImageJ批处理.tiff中的遮罩中提取图像名称元数据

问题描述

我正在尝试在r中编写一个for循环，该循环将从多个ImageJ批次（保存为.tiff文件）中提取图像名称元数据，每个批次包含1-10个单独的蒙版。到目前为止，我的批处理中单个蒙版实现此代码如下：

library(OpenImageR)
library(ijtiff)

tifflist <- list.files(pattern = ".tiff",recursive = T,full.names = T) #save all .tiff files from working directory to a list
batch <- readImage(tiffs[1],all = T) #read in one batch within the list
pixels <- sum(batch[[1]]) #count black pixels of one mask within the batch
name <- read_tags(tiffs[1],frames = "all")[1] #extract the name of that same mask

我一直在尝试使用“ ijtiff”包提取元数据，并且尽管我可以使用read_tags（）看到许多其他元数据，但我仍无法成功找到该名称。是否有另一个我可以使用的软件包来实现这一目标？还是其他功能？我知道每个遮罩都有一个图像名称，因为仍然可以通过ImageJ找到它们。

最终的for循环会像这样放大：

results <- data.frame(nrow = length(tifflist),ncol = 2)
colnames(results) <- c("image name","pixel count")
for (i in length(tifflist)) {
  batch <- readImage(tifflist[i],all = T)
  for (j in length(batch)) {
    pixels <- sum(batch[[j]])
    name <- NA #edit once solution is found
    results[j,1] <- pixels
    results[j,2] <- name
  }
}

任何指导将不胜感激！我是使用ImageJ和.tiff文件的新手，并且在将代码扩展到for循环方面经验有限。

解决方法

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