如何在R中使用dcast将数据从长转换为宽？

编程问答 2022-06-09

问题描述

尝试从长到宽重新格式化我的数据。

开始于：

head(rna.dat)
     sample_barcode gene_name HTSeq__Counts
1: TCGA-CS-4938-01B     KRT17             8
2: TCGA-CS-4938-01B     SMAD2          6123
3: TCGA-CS-4938-01B      BRAF          1512
4: TCGA-CS-4938-01B   ANKRD61            16
5: TCGA-CS-4938-01B      MTOR          6474
6: TCGA-CS-4938-01B      EXOG           582

然后我跑步：

rna.wide=dcast.data.table(rna.dat,sample_barcode~gene_name,value.var="HTSeq__Counts")

Aggregate function missing,defaulting to 'length'

...输出：

     sample_barcode A1BG A1CF A2M A2ML1
1: TCGA-CS-4938-01B    1    1   1     1
2: TCGA-CS-4942-01A    1    1   1     1
3: TCGA-CS-4943-01A    1    1   1     1
4: TCGA-CS-5393-01A    1    1   1     1
5: TCGA-CS-5396-01A    1    1   1     1

...即计数值填充为1。

例如，位置[1,1]的值应为36：

rna.dat[rna.dat$sample_barcode=="TCGA-CS-4938-01B" & rna.dat$gene_name=="A1BG",]
     sample_barcode gene_name HTSeq__Counts
1: TCGA-CS-4938-01B      A1BG            36

过去，我成功地使用了“重塑”，但是该数据有大约400万行，而且似乎从未完成。 dcast只需几秒钟即可完成。

谢谢！

解决方法

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dcastrrreshape