在命令行覆盖嵌套的配置选项

问题描述

是否可以使用 Snakemake的 --config命令行选项覆盖嵌套的配置选项？例如：使用config['step_a']['opt_b']内部访问的选项。启动Snakemake工作流程时是否有一些语法可以指定这一点？

解决方法

这可行，但是您需要提供step_a dict的其他元素：

--config "step_a={'opt_b':'c'}"

我认为正确的方法是使用--configfile使用不同的配置文件。 如果有一些配置是相对静态的，而有些则是可变的，请使用两个配置文件。您可以使用--configfile提供多个配置文件。