从两个列表中比对许多短序列并找到互补的

问题描述

所以我在R中有两个列表对象，我想知道哪些序列可以通过DNA互补性相互结合。

第一个对象rs是反向互补microRNA种子区域，第二个对象是3'UTRs主题。 如何解决这个问题有什么线索？
我找到了一个名为microRNA（https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/microRNA/man/microRNA.pdf）的程序包，其功能为matchSeeds（seed，seq）。我这样做了，但是这个功能实际上是在寻找完全匹配的东西，这并不是我真正需要的。非常感谢在R中解决此问题的任何线索。 谢谢！

> typeof(rs)
[1] "list"
> typeof(u)
[1] "list"

head(rs)
$`miR-92|34108_3p `
[1] "TGCAAT"

$`miR-92|34106_3p `
[1] "TGCAAT"

$`miR-92|34110_3p `
[1] "TGCAAT"

$`miR-184|1952_3p `
[1] "CCGTCC"

$`miR-184|1954_3p `
[1] "CCGTCC"

$`miR-1795_3p `
[1] "CCGTCC"

head(u)
$upper_1
[1] "gccgtt"

$upper_2
[1] "ccgagc"

$upper_3
[1] "gacatt"

$upper_4
[1] "gcttat"

$upper_5
[1] "taccta"

$upper_6
[1] "tcgtct"

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）