“通配符”对象没有属性“输出”

问题描述

我因为一个简单的规则而出错。我必须为另一个程序编写一个任务文件，并且需要一个tsv文件。我从配置文件中读取了一定数量的参数，然后使用shell命令将它们写入文件。

代码：

rule create_tasks:
    output:
        temp("tasks_{sample}.tsv")
    params:
        ID="{sample}",file=lambda wc: samples["path"][wc.sample],bigwig=lambda wc: samples["bigwig"][wc.sample],ambig=lambda wc: samples["ambig"][wc.sample] 
    shell:
        
        'echo -e "{params.ID}\t{params.file}" > {output}'

执行工作流程时，出现以下错误：

Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cluster nodes: 1
Job counts:
        count   jobs
        1       create_tasks
        1

[Mon Oct 12 14:48:15 2020]
rule create_tasks:
    output: tasks_sampleA.tsv
    jobid: 0
    wildcards: sample=sampleA

echo -e "sampleA    /Path/To/sampleA.bed               " > tasks_sampleA.tsv
WorkflowError in line 23 of /path/to/workflow.snakefile:
'Wildcards' object has no attribute 'output'
  File "/path/to/miniconda/envs/snakemake_submit/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py",line 111,in run_jobs
  File "/path/to/miniconda/envs/snakemake_submit/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py",line 1233,in run

我应该提到，其中两个变量为空，并且我希望echo命令中的制表符/空格。

有人有解释吗，为什么snakemake试图在通配符中查找输出？我特别感到困惑，因为它正在打印正确的命令。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

output rules snakemake wildcard