如何使用Bio.Entrez提取PMC文章标题和摘要的完整列表？

编程问答 2022-06-09

问题描述

我正在尝试从PMC / Pubmed下载完整的标题/摘要数据。这是一个古老的问题，但是stackoverflow上的所有答案似乎都无法回答。

一种通用方法是使用Entrez程序包，但是同样，您需要指定搜索项。另外，随着时间的推移，您可以发送的查询请求也受到限制。

from Bio import Entrez
Entrez.email = "[email protected]"  
handle = Entrez.esearch(db="pubmed",term="orchid",retmax=463)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()
idlist = record["IdList"]
handle = Entrez.efetch(db="pubmed",id=idlist,rettype="medline",retmode="text")
records = Medline.parse(handle)

for record in records:
     print("title:",record.get("TI","?"))
     print("authors:",record.get("AU","?"))
     print("source:",record.get("SO","?"))
     print("")

无论如何，我可以使用Python或直接从任何其他来源从PMC下载整篇文章和摘要数据吗？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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