SOLID颜色空间读取对齐方式：BWA，Tophat还是其他？

问题描述

这是我第一次进行比对，我需要一些帮助来确定哪种对准器最适合我的情况。

我正在尝试对齐先前存储在SRA存储库中的研究生成的FASTQ文件（小鼠），目的是在组装计数矩阵后使用edgeR进行差异表达分析。测序是在SOLID中进行的，因此FASTQ在色彩空间中，这限制了我的选择。根据FASTQC，读取长度在30-140 bp之间。在之前的研究中，他们使用BWA-backtrack对齐了读段。但是，由于BWA不能识别接头，所以我想知道这是否是最佳选择。显然，我可以将Tophat（1或2）与Bowtie 1配合使用以在色空间中进行拼接感知对齐，但是Bowtie声称最适合短读（35 bp）。他们确实说他们支持长达1024 bp的读取，但是我不知道“以35 bp的工作效果最佳”和“支持长达1024 bp的读取”之间是什么。因此，基本上，我的疑问是：1）在没有接头意识的情况下与BWA回溯对齐，或者2）在没有使用适当的读取长度的情况下与Tophat对齐（领结1），并且可能得到一些不精确的结果。我倾向于使用Tophat选项，但是由于我对对齐阅读没有经验，所以我想知道原始文章使用BWA-backtrack所做的选择是否可能比我自己的初学者选择的要好。

如果有人可以消除我的疑虑并帮助我选择，我将不胜感激。任何第三种选择显然都是受欢迎的。

解决方法

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