问题描述
我有一个较大的sqlite数据库(十亿行中的3/4以上),它代表一个边缘列表,通常我会将其作为矩阵传递给igraph并从中提取子图。在R中,此工作流程的简化版本如下所示:
library(Rsqlite)
library(igraph)
d <- matrix(data = c(1,2,3,4,1,5,6,7,8,9),ncol = 2)
g <- graph_from_edgelist(el = d,directed = FALSE)
gps <- groups(components(g))
sgs <- sapply(gps,function(x) induced_subgraph(graph = g,vids = x),simplify = FALSE)
我希望能够以某种有效的方式从数据库中提取子图。问题是,我不知道我是否有内存将整个数据库保存为图形对象。当R可以将所有数据保存在内存中时,我可以处理这些数据,但是无论将来是否可以处理,
子问题:如果我有第三列代表置信度,我可以精确定义只有满足一定置信度的边的子图吗?
解决方法
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