Rmarkdown编织为pdf提供了错误的绘图 ggplot2单独呈现正确的一个

问题描述

我在此处附加的代码在编织时呈现了错误的绘图（“ Tk.wrong.png”，此处是第一个绘图）。但是，如果我将其作为标准R代码运行，则渲染的图将是正确的图（“ Tk.right.png”，第二个图）。我感到困惑。有什么提示吗？非常感谢。 最好， 戴维·R PS：Tk data.frame可以在这里下载。 https://mycore.core-cloud.net/index.php/s/OKF9dp1tWa0OR1g

这是Tk数据帧

---

标题：“ Tukey情节帮助” 作者：“ DR” 日期：“ 16/10/2020” 输出：pdf_document

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

setwd("~/Documents/IPBS/JN/AB")
library(tidyverse)
input.data <- read.table("input.data.txt",header = TRUE,sep = "\t")

Tk <- rownames_to_column(as.data.frame(TukeyHSD(aov(Score_Avg ~ Manip * Traitement,data = input.data),"Traitement")$Traitement),var = "comp") 
Tk$signif <- sapply(1:nrow(Tk),function (x) between(0,Tk$lwr[x],Tk$upr[x]))
Tk$comp <- as.factor(Tk$comp)
levels(Tk$comp) <- c("Genta-NT","3T-NT","G3T-NT","3T-Genta","G3T-Genta","G3T-3T")

ggplot(Tk,aes(x = diff,y = comp,colour = signif)) +
  geom_point() +
  geom_errorbar(aes(xmin = lwr,xmax = upr),width = .1) +
  geom_vline(xintercept = 0,colour = "darkgreen") +
  scale_colour_manual(values=c('darkred','darkblue')) +
  theme_minimal() +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 20),axis.text.x = element_text(size = 15),legend.position = "none")
ggsave("Tk.wrong.png")

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）